Il luogo scelto per la costruzione del nuovo luogo di culto si trovava fuori le mura della città in una zona chiamata ” Mandracchio ” che si trovava allora al di fuori di fuori di Porta di Massa ed era bagnato dal mare su tre lati. Qui si trovava un piccolo porto, dotato di dogana ed edifici per il deposito merci
Ottenuti i permessi necessari, Belladonna iniziò i lavori con il sostegno dei primi tre iscritti alla congrega, Fra’ Marco Albano, Nardo Calvanico e Annibale di Pronillo, e terminò gli stessi nel 1564 quando fu ultimato il soffitto. nel 1554..
Vennero eseguiti nei decenni successivi ulteriori abbellimenti come indorature, un apparato di suppellettili in argento e corallo ( Giovan Domenico Vinaccia ) , varie imbiancature di volte , e intonacata la cupola con affreschi di Nicola Russo.
La chiesa venne quasi del tutto rinnovata tra il 1769 e il 1772, ad opera di Giuseppe Astarita che si avvalse anche dell collaborazione di Nicola Scodes per le decorazioni e di Antonio di Lucca per i marmi. Proprio quest’ultimo, nel 1775, apportò modifiche all’altare maggiore, e aggiunse le cornici in piperno all’esterno della chiesa. Successivamente, intorno al 1799, Angelo Viva posizionò alcune sculture e degli obelischi (oggi ne resta solo uno) nell’area attorno all’edificio.