Il luogo scelto per la costruzione del nuovo luogo di culto si trovava fuori le mura della città in una zona chiamata ” Mandracchio ” che si trovava allora al di fuori di fuori di Porta di Massa ed era bagnato dal mare su tre lati. Qui si trovava un piccolo porto, denominato “Porto d’Arcina”dotato di dogana ed edifici per il deposito merci (si suppone che nella zona sbarcassero le mandrie destinate al macello).
Ottenuti i permessi necessari, Belladonna iniziò i lavori con il sostegno dei primi tre iscritti alla congrega, Fra’ Marco Albano, Nardo Calvanico e Annibale di Pronillo, e terminò gli stessi nel 1564 quando fu ultimato il soffitto.
La chiesa nel corso dei secoli ha visto realizzare importanti modifiche . Tra il 1564 e il 1565 si realizzarono imponenti opere di decoro rinascimentali : un certo mastro Battista costruì il coro con scala a chiocciola e un pittore poco noto, affrescò non solo la volta della chiesa ma anche una Madonna (alla quale furono poi successivamente aggiunti due angeli ), che fu deposta in una cornice di legno .
Vennero eseguiti nei decenni successivi ulteriori abbellimenti come indorature, un apparato di suppellettili in argento e corallo ( Giovan Domenico Vinaccia ) , varie imbiancature di volte , e intonacata la cupola con affreschi di Nicola Russo.
La chiesa venne quasi del tutto rinnovata tra il 1769 e il 1772, ad opera di Giuseppe Astarita che si avvalse anche della collaborazione di Nicola Scodes per le decorazioni e di Antonio di Lucca per i marmi. Proprio quest’ultimo, nel 1775, apportò modifiche all’altare maggiore, e aggiunse le cornici in piperno all’esterno della chiesa. Successivamente, intorno al 1799, Angelo Viva posizionò alcune sculture e degli obelischi (oggi ne resta solo uno) nell’area attorno all’edificio.
Nel 1749, accanto alla chiesa, venne innalzata la palazzina progettata dall’ingegnere Ignazio Cuomo che doveva servire da sagrestia e da abitazione per i membri della congrega, alla cui realizzazione lavorarono numerosi artisti come Gennaro Pagano, Nicola Scodes, Antonio De Curtis e Giuseppe Baldi. L’edificio divenne sede di un orfanotrofio detto il “Collegio dei Marinaretti”, che andò ad aggiungersi alle attività della confraternita che si prodigava in opere di misericordia e assistenza ai marinai ammalati e si preoccupava anche di fornire una dote alle fanciulle povere.
CURIOSITA’: Per dare una giusta simmetria alla chiesa sul lato di sinistra , la cui parete era oramai occupata dalle mura della palazzina adiacente vennero solo dipinte due finestre che invece erano ben evidenti sul lato destro.
